Idea budowy nowego kościoła zrodziła się w poł. XVIII w. Obecny kościół pw. św. Marii Magdaleny powstał w latach 1754-1780 według projektu Walentego Haltmana. Inicjatorem tego wielkiego przedsięwzięcia obejmującego również zabudowę klasztorną był ówczesny gwardian o. Grzegorz Ostrowski korzystający z finansowego i merytorycznego wsparcia biskupa Wacława Hieronima Sierakowskiego. Znany był bowiem biskup ze swej artystycznej wrażliwości, a jako znawca sztuki miał wśród swoich przyjaciół najwybitniejszych architektów i artystów czynnych w tym czasie na terenie Małopolski Wschodniej. Artyści ci należeli do najlepszych w Polsce i bardzo cenionych w Europie. Biskupie doradztwo stanowiło wielka szansę dla przemyskiej świątyni. Ważnym wydarzeniem w budowie był udział kilku magnatów nie żałujących swych funduszy. Ich listę tworzy m. in.: Franciszek Sależy Potocki – wojewoda kijowski, Wawrzyniec Morski – podczaszy horodelski, jego brat Sebastian – łowczy czerwonogrodzki, ponadto chorąży trembowleński Dzieduszycki i starosta Podwysocki Uliński. Do 1758 r. wykonano fundamenty, rok później rozpoczęto budowę kościoła, do 1765 r. zbudowano zakrystię, do 1767 r. prezbiterium, a do 1775 korpus nawy głównej. W latach 1773-1780 prowadzono prace wykończeniowe przy fasadzie, wykonując m. in. dwubiegowe schody z kamienną balustradą na której posadowiono kamienne figury Matki Bożej Niepokalanej, św. Idziego i bł. Jana Dunsa Szkota. Autorstwo tych rokokowych rzeźb przypisuje się czołowemu przedstawicielowi tzw. „lwowskiej szkoły rzeźby” Fabianowi Fesingerowi. Cecha charakterystyczną owej szkoły był duży ładunek ekspresji przedstawianych postaci. Prace rozpoczęte w dniu 26 maja 1754 roku zostały ukończone 19 lipca 1778 roku uroczystą konsekracja świątyni przez biskupa Józefa Tadeusza Kierskiego.
Obiekt do chwili obecnej przechodził trzykrotne remonty elewacji w latach 1912-1913 wymieniono elementy kamieniarskie, 1927-1930 wzmocniono mury (projekt Maksymiliana Jabłońskiego i Adolfa Szyszko-Bohusza), 1970-1980 przeprowadzono konserwacje tynków i polichromii, prace te prowadził Jan Wąsacz. Wartości architektoniczne i historyczne były podstawa do objęcia całego zespołu kościelno-klasztornego prawna ochrona konserwatorska poprzez wpis do rejestru zabytków pod nr A-428 decyzja z dn. 06 czerwca 1983 r. Po prawie 40-stu latach od ostatniej prac remontowo-konserwatorskich elewacji z uwagi na widoczne zasolenia, zabrudzenia, spękania, ubytki detalu i powłoki malarskiej w 2017 r. przystąpiono do jej konserwacji. W roku 2018 wykonano konserwacje techniczną i estetyczną całej elewacji frontowej i drzwi głównych kościoła pochodzących z roku 1777. W zakresie powierzchni płaskich, pilastrów, kolumn, gzymsów i przedstawień figuralnych usunięto zabrudzenia podklejono odspojone tynki, usunięto wtórne przemalowania oraz wadliwe retusze, zrekonstruowano oryginalną warstwę malarską. Elementy kamienne takie jak cokół, podest, schody zostały w większej części wymienione na nowy piaskowiec i wykonano hydrofobizację. Powyższe prace poprzedzone były szeregiem komisji konserwatorskich z udziałem przedstawicieli Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków oraz dyplomowanych konserwatorów dzieł sztuki. Wykonano je należycie, zgodnie ze sztuką konserwatorską, a ich efekt końcowy odbierany jest bardzo dobrze zarówno przez osoby zaangażowane w całe przedsięwzięcie jak i mieszkańców i turystów.
